患者，男，40岁，慢性胃炎10余年。胃镜活检可见杯状细胞，提示病理变化是：

本题考查慢性胃炎组织学变化相关知识。不同病因所致胃黏膜损伤和修复过程中产生的慢性胃炎组织学变化主要有炎症、萎缩、化生、异型增生。其中化生是长期慢性炎症使胃黏膜表层上皮和腺体为杯状细胞和幽门腺细胞所取代。此患者胃镜活检可见杯状细胞，提示病理变化是胃粘膜上皮细胞化生。

A项错误，胃镜活检可见杯状细胞，提示病理变化是胃粘膜上皮细胞化生。

B项错误，胃粘膜上皮细胞萎缩病理变化提示慢性炎症胃黏膜表层萎缩。

C项错误，异型增生又称不典型增生，是细胞在再生过程中过度增生和分化缺失，增生的上皮细胞拥挤、有分层现象，核增大失去极性，有丝分裂象增多，腺体结构紊乱。

D项正确，化生是指长期慢性炎症使胃黏膜表层上皮和腺体为杯状细胞和幽门腺细胞所取代。其分布范围越广，发生胃癌的危险性越高。胃腺化生分为2种:①肠上皮化生:以杯状细胞为特征的肠腺替代了胃固有腺体;②假幽门腺化生:泌酸腺的颈黏液细胞增生，形成幽门腺样腺体，它与幽门腺在组织学上一般难以区别，需根据活检部位作出判断。

故正确答案为D。