下列通过粪-口途径传播的疾病是：

本题考查传染病的传播途径。传染病的常见传播途径有：呼吸道传播、消化道传播、接触传播、虫媒传播、血液、体液传播等。

A项正确，甲肝主要通过粪-口途径传播。

B项错误，流感主要通过飞沫经呼吸道传播，也可通过接触被污染的手、日常用具等间接传播。

C项错误，乙肝主要通过母婴传播、血液、体液传播等。

D项错误，疟疾是虫媒传播疾病，传染源是猪，传播媒介为蚊子。

故正确答案为A。