甲状腺切除术后发生了饮水呛咳，是术中损伤了

解析：甲状腺术后主要并发症（1）术后呼吸困难和窒息①出血及血肿压迫气管②喉头水肿③气管塌陷④双侧喉返神经损伤；（2）喉返神经损伤：单侧引起声嘶，双侧引起呼吸困难甚至窒息；（3）喉上神经损伤：内支引起进食或饮水时呛咳，外支引起环甲肌瘫痪，声带松弛、音调降低；（4）甲状旁腺功能减退；（5）甲状腺危象。