试题要求：
计算甲旅游公司取得旅游收入应缴纳的增值税，并请说明其计税依据确定的理由。
试题解析：
答案：
甲旅游公司应缴纳的增值税=（400000-100000-40000-50000-90000）÷（1+6%）×6%=6792.45（元）。
理由：试点纳税人提供旅游服务，可以选择以取得的全部价款和价外费用，扣除向旅游服务购买方收取并支付给其他单位或者个人的住宿费、餐饮费、交通费、签证费、门票费和支付给其他接团旅游企业的旅游费用后的余额为销售额。
解析：
甲公司发生的下列支出在计算增值税时准予扣除：
①向乙车行租赁大巴的支出10万元。
②支付香港接团费用9万元。
③支付深圳门票费4万元。
④支付深圳食宿费5万元。购买旅游保险、支付导游工资的支出不能扣除。
甲旅游公司应缴纳的增值税=（400000-100000-40000-50000-90000）÷（1+6%）×6%=6792.45（元）。
考点：销项税额的计算,一般计税方法应纳税额的计算,增值税法