妊娠早期最常见的自然流产因素是：

本题考查流产原因。自然流产的病因包括：胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素。其中，胚胎或胎儿染色体异常是早期流产最常见的原因。

A项错误，孕激素过低会导致流产，但不是早期流产的主要原因。

B项错误，宫颈功能不全会导致流产，但不是早期流产的主要原因。

C项错误，母体免疫功能异常会导致流产，但不是早期流产的主要原因。

D项正确，胚胎或胎儿染色体异常是早期流产最常见的原因。

故正确答案为D。