试题要求：
计算乙公司向甲公司支付商标使用费、咨询费、设计费应代扣代缴的企业所得税。
试题解析：
答案：
乙公司向甲公司支付商标使用费、咨询费、设计费应代扣代缴的企业所得税＝1000÷（1＋6%）×10%＝94.34（万元）
解析：
甲企业属于非居民企业，在境内未设立机构场所，因此只需对其取得的来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。
①根据所得来源地的规定，特许权使用费所得的来源地为负担、支付所得的企业所在地，甲公司取得的商标使用费是由境内的乙公司支付的，所以属于境内所得，应缴纳企业所得税。
②劳务所得的来源地为劳务发生地，甲公司提供咨询劳务、设计劳务，但未派遣相关人员来境内，由此可判断是在境外提供的劳务，属于境外所得，无需在我国缴纳企业所得税。
综上，乙公司仅就其支付的商标使用费代扣代缴企业所得税。乙公司向甲公司支付商标使用费、咨询费、设计费应代扣代缴的企业所得税＝1000÷（1＋6%）×10% ＝94.34（万元）
考点：企业所得税纳税义务人、征税对象与税率,纳税义务人、征税对象与税率,企业所得税法