医疗机构对医师提出警告并限制其特殊使用级抗菌药物处方权的情形是

解析：根据《抗菌药物临床应用管理办法》的规定，医疗机构对医师提出警告并限制其特殊使用级抗菌药物处方权的情形是出现开具抗菌药物超常处方3次以上且无正当理由（C对）。因紧急情况越级使用抗菌药物（A错）是允许的，无需处罚医师。发生抗菌药物不良事件（B错）是由于用药错误而导致的，若造成严重后果，则医疗机构可取消医师抗菌药物处方权。使用的抗菌药物明显超出规定用量（D错）若造成严重后果，医疗机构可取消医师抗菌药物处方权。开具抗菌药物处方牟取不正当利益（E错）医疗机构应当取消医师抗菌药物处方权。